Su Ürünleri Bölümü 1992 yılında Ziraat Fakültesi bünyesinde açılmıştır. Bölgedeki sorunların çözümüne odaklanan bir yaklaşımla faaliyetlerine başlayan bölüm, akademik altyapısını tamamlayarak 2000 yılında ilk öğrencilerini mezun etmiştir. Bölümde 1 profesör, 4 doçent, 1 yardımcı doçent, 1 araştırma görevlisi doktor ve 1 araştırma görevlisi görev yapmaktadır. 1993 yılından beri yüksek lisans, 2000 yılından beri lisans düzeyinde eğitim vermektedir. 2009 yılında Ziraat Fakültelerinde yapılan düzenlemeyle Su Ürünleri Mühendisliği Bölümü olarak ismi değişmiş ve 2009-2010 eğitim-öğretim yılında bu isim altında ilk öğrencilerini almıştır.

Bölüm, su ürünleri alanında, topluma yön verecek, yeniliklere açık, kaynakların sürdürülebilir kullanımını sağlayacak, uluslararası standartta mühendis ve akademisyenleri yetiştirmeyi kendisine vizyon olarak belirlemiştir. Bu vizyonu gerçekleştirirken bölge ihtiyaçları öncelikli olmak üzere, evrensel bilgi ve teknoloji üretimi ile sürdürülebilir toplumsal kalkınmaya katkı sağlayacak araştırma, eğitim ve yayım faaliyetlerini gerçekleştirme misyonu ile hareket edecektir. Bu vizyon ve misyon çerçevesinde bölümün amaçları aşağıdaki gibi sıralanmıştır:

Mesleğinde idealist ve başarılı mühendisler yetiştirmek
Uluslar arası dergilerde kaliteli yayınlar çıkarmak
Uluslar arası projeleri yürütmek
Bölgedeki ekolojik dengenin korunmasında etkin rol oynamak
Bölgedeki yetiştiricilerin tüm teknik destek ihtiyaçlarını karşılamak
Balık populasyonlarından optimum düzeyde yararlanmayı sağlayacak modeller geliştirmek
İşbirliğini üst seviyelere çıkarmak
Su kaynaklarının korunması ve iyileştirilmesini sağlayacak adımları atmak
Vizyon sahibi akademisyenlerin yetişmesini sağlamak
Bölgede sürdürülebilir yetiştiriciliği yaygınlaştırmak
Su ürünleri sektöründe yeni teknolojiler geliştirmek ve teknoloji transferini sağlamak
Bölgedeki su kaynaklarının balıklandırılması için etkin politikalar geliştirmek
Yetiştiricilik amaçlı tanımlı damızlık stoklar oluşturmak
Bölgedeki su ürünlerinin katma değerini artıracak muhafaza, işleme ve değerlendirme yöntemlerini AB standartları seviyesinde geliştirmek
AB ortak balıkçılık politikasına uyum çalışmalarına katkı sağlamak
Sürdürülebilir balıkçılık yönetimi amacıyla yerele uygun politikalar geliştirmek
Su Ürünleri Bölümü?nün 1992-2009 yılları arasını kapsayan 17 yıllık geçmişine bakıldığında, yapılan ulusal ve uluslar arası çalışmalarla Van yıllıklarına bile giremeyen Van Gölü inci kefalı, dünya çapında tanınan bir tür haline gelmiştir.